Onderzoeker

Dr. Marian Stevens-Kroef

Achtergrond informatie

Myelodysplastisch syndroom (MDS, preleukemie) is een ernstige ziekte van het beenmerg, die kan ontaarden in een acute leukemie. Met de huidige genetische diagnostiek methode (de klassieke karyotypering) wordt slechts bij 30-50% van de MDS patiënten een genetische afwijking in het beenmerg aangetoond. Deze genetische afwijkingen zijn mede bepalend voor de keuze van een passende behandeling.

We willen een nieuw ontwikkelde techniek gebruiken; de microarray-based genomische profilering. Dit is een microchip met daarop 2,7 miljoen spots met in elke spot een ander stukje chromosoom. Met deze techniek kunnen de chromosomen in veel meer detail worden beoordeeld, en kunnen er genetische afwijkingen opgespoord worden die niet waarneembaar zijn met de klassieke methode.

Het uitgevoerd onderzoek

In dit project is het doel de klassieke karyotypering met de nieuwe microarray techniek vergelijken. We onderzoeken de frequentie en betekenis van de middels microarray opgespoorde afwijkingen bij MDS patiënten. Voor dit onderzoek maken we gebruik van een specifieke MDS patiëntengroep, met gegevens over klinische nabehandeling, overleving en voortgang van de ziekte.

Tot dusver is onderzoek uitgevoerd bij 74 patiënten en er is bij 42 patiënten een abnormale microarray profiel vastgesteld, terwijl met de klassieke methode slechts in 24 van de 74 patiënten genetische afwijkingen zijn aangetoond. Hierbij bleek dat met microarray dezelfde genetische afwijkingen aangetoond worden, als die met klassieke methode opgespoord zijn. Daarnaast identificeert microarray afwijkingen (zoals zeer kleine afwijkingen en gebieden met kopieneutrale homozygotie), die beiden buiten het bereik van klassieke methode vallen.

De betekenis voor de patiënt

Met name de genetische afwijkingen die niet waarneembaar zijn met de huidige diagnostiek methode kunnen klinische berekenis hebben voor de patiënt. Aangezien dit onderzoek wordt uitgevoerd op een goed gekarakteriseerde patiëntengroep, zijn we in een unieke positie om deze nieuwe, eventueel klinisch en diagnostisch relevante, genetische afwijkingen bij MDS‐patiënten vast te stellen en de klinische en diagnostische betekenis te bepalen. We hopen dat we hiermee nog beter inzicht krijgen in de ziekte en daardoor de behandelingsopties voor de patiënten kunnen verbeteren.

Figuur: Microchips met op elke microchip 2,7 miljoen spots. Iedere spot bevat een ander stukje chromosoom.

Figuur: Microarray profiel van chromosoom 13. Ieder stipje is één van de 2,7 miljoen spots. Binnen het kader daalt de hoeveelheid DNA onder de 0-lijn. Dit betekent dat er een klein stukje chromosoom 13 afwezig (gedeleteerd) is.