Radboud Oncologiefond
KWF Kanker Bestrijding
100%
Projectkosten: € 20.000,-
Nog nodig: € 0,-

Het aantonen van chromosomale afwijkingen

Hoofdonderzoeker

Dr. Marian Stevens-Kroef, laboratoriumspecialist klinische genetica, Radboudumc

Co-onderzoeker

Prof. dr. Joop Jansen, hoofd van het Laboratorium Hematologie, Radboudumc

Onderzoek

Het Laboratorium Tumorgenetica (LTG) verzorgt genetische diagnostiek op het gebied van de oncologie, die van belang zijn voor de adequate behandeling van de patient. Myelodysplastisch syndroom (MDS; preleukemie) is een ernstige ziekte van het beenmerg, die kan ontaarden in een acute leukemie. Met de huidige techniek om alle chromosomen te onderzoeken wordt bij zo’n 50% van de patiënten een genetische afwijking in het beenmerg aangetoond. Deze genetische afwijkingen zijn van belang voor de keuze van een passende behandeling. Met een nieuw ontwikkelde techniek, de microarray-based genomic profiling (een microfluidische chip met daarop een grote hoeveelheid spots met in elke spot een ander gen dat vastgehecht is aan de bodem van de plaat) kunnen de chromosomen in veel meer detail worden beoordeeld.

In een pilot studie hebben we een vijftigtal patiënten, waarin we met de huidige techniek geen afwijkingen hebben gevonden, getest met deze nieuwe techniek. In 15% van deze patiënten werd een nieuw type afwijking gevonden, die van belang kan zijn voor de behandeling van de patient. Om de betekenis van dit type afwijkingen te onderzoeken willen we de nieuwe techniek toepassen bij 200 klinisch zeer goed gekarakteriseerde MDS patiënten.

Resultaten / tussenstand

In dit  project willen we de klassieke karyotypering met de nieuwe microarray techniek vergelijken, en willen we de frequentie en betekenis van de middels microarray gedetecteerde afwijkingen bij MDS patiënten onderzoeken. Voor dit onderzoek maken we gebruik van een uitgebreid gekarakteriseerd MDS patiëntencohort (HOVON 89 studie), met gegevens over klinische follow‐up, met inbegrip van overleving en progressie van de ziekte.

Tot dusver is microarray-based genomische profilering uitgevoerd bij 74 patiënten en is bij 42 patiënten een abnormale microarray profiel geïdentificeerd, terwijl met de karyotypering methode slechts in 24 van de 74 patiënten genetische afwijkingen zijn aangetoond. Hierbij bleek dat met microarray dezelfde genetische afwijkingen aangetoond worden, als die met karyotypering gedetecteerd zijn. Daarnaast identificeert microarray afwijkingen (zoals zeer kleine afwijkingen en gebieden met kopieneutrale homozygotie), die beide buiten het bereik van klassieke karyotypering vallen.

De betekenis voor de patiënt

Met name de genetische afwijkingen die niet waarneembaar zijn met de huidige diagnostiek methode kunnen klinische relevantie hebben voor de patiënt. Aangezien voor dit onderzoek wordt uitgevoerd op een goed gekarakteriseerd patiënten cohort, zijn we in een unieke positie om deze nieuwe, eventueel klinisch en diagnostisch relevante, genetische afwijkingen bij MDS‐patiënten te identificeren en de klinische en diagnostische betekenis te bepalen. We hopen dat we hiermee nog beter inzicht krijgen in de ziekte en daardoor de behandelingsopties voor de patiënten kunnen verbeteren.